Les calculs du CDC suggèrent qu’il est extrêmement difficile de détecter un virus vivant dans un échantillon au-dessus d’un seuil de 33 cycles.
Certains des principaux experts en santé publique du pays soulèvent une nouvelle préoccupation dans le débat sans fin sur les tests de coronavirus aux États-Unis: les tests standard diagnostiquent un grand nombre de personnes qui peuvent être porteuses de quantités relativement insignifiantes du virus.
La plupart de ces personnes ne sont pas susceptibles d’être contagieuses, et leur identification peut contribuer à des goulots d’étranglement qui empêchent ceux qui sont contagieux d’être trouvés à temps. Mais les chercheurs disent que la solution n’est pas de tester moins, ou de ne pas tester les personnes sans symptômes, comme l’ont récemment suggéré les Centers for Disease Control and Prevention.
Au lieu de cela, de nouvelles données soulignent la nécessité d’une utilisation plus généralisée des tests rapides, même s’ils sont moins sensibles.
«La décision de ne pas tester les personnes asymptomatiques est juste vraiment en arrière», a déclaré le Dr Michael Mina, épidémiologiste à la Harvard TH Chan School of Public Health, se référant à la recommandation du CDC.
«En fait, nous devrions intensifier les tests de toutes les personnes différentes», a-t-il dit, «mais nous devons le faire à travers des mécanismes complètement différents.»
Dans ce qui pourrait être un pas dans cette direction, l’administration Trump a annoncé jeudi qu’elle achèterait 150 millions de tests rapides.
Le test de diagnostic le plus largement utilisé pour le nouveau coronavirus, appelé test PCR, fournit une réponse simple oui-non à la question de savoir si un patient est infecté.
Mais des tests PCR similaires pour d’autres virus donnent une idée de la contagion d’un patient infecté: les résultats peuvent inclure une estimation approximative de la quantité de virus dans le corps du patient.
«Nous avons utilisé un type de données pour tout, et c’est juste plus ou moins – c’est tout», a déclaré Mina. «Nous utilisons cela pour les diagnostics cliniques, pour la santé publique, pour la prise de décision politique.»
Mais oui-non ne suffit pas, a-t-il ajouté. C’est la quantité de virus qui devrait dicter les prochaines étapes du patient infecté. «C’est vraiment irresponsable, je pense, de renoncer à reconnaître qu’il s’agit d’un problème quantitatif», a déclaré Mina.
Le test PCR amplifie la matière génétique du virus par cycles; moins il faut de cycles, plus la quantité de virus, ou charge virale, dans l’échantillon est élevée. Plus la charge virale est élevée, plus le patient est susceptible d’être contagieux.
Ce nombre de cycles d’amplification nécessaires pour trouver le virus, appelé seuil de cycle, n’est jamais inclus dans les résultats envoyés aux médecins et aux patients atteints de coronavirus, même s’il pourrait leur dire à quel point les patients sont infectieux.
Dans trois ensembles de données de test comprenant des seuils de cycle, compilés par des responsables du Massachusetts, de New York et du Nevada, jusqu’à 90% des personnes testées positives ne portaient pratiquement aucun virus, selon une revue du New York Times.
Jeudi, les États-Unis ont enregistré 45604 nouveaux cas de coronavirus, selon une base de données maintenue par The Times. Si les taux de contagiosité dans le Massachusetts et à New York devaient s’appliquer à l’échelle nationale, alors peut-être que seulement 4 500 de ces personnes pourraient avoir besoin de s’isoler et de se soumettre à la recherche des contacts.
Une solution serait d’ajuster le seuil de cycle utilisé pour décider qu’un patient est infecté. La plupart des tests fixent la limite à 40, quelques-uns à 37. Cela signifie que vous êtes positif pour le coronavirus si le processus de test a nécessité jusqu’à 40 cycles, ou 37, pour détecter le virus.
Des tests avec des seuils si élevés peuvent détecter non seulement des virus vivants, mais aussi des fragments génétiques, des restes d’infection qui ne présentent aucun risque particulier – un peu comme trouver un cheveu dans une pièce longtemps après le départ d’une personne, a déclaré Mina.
Tout test avec un seuil de cycle supérieur à 35 est trop sensible, a reconnu Juliet Morrison, virologue à l’Université de Californie à Riverside. «Je suis choquée que les gens pensent que 40 pourrait représenter un positif», a-t-elle déclaré.
Un seuil plus raisonnable serait de 30 à 35, a-t-elle ajouté. Mina a dit qu’il fixerait le chiffre à 30, voire moins. Ces changements signifieraient que la quantité de matériel génétique dans l’échantillon d’un patient devrait être de 100 à 1000 fois celle de la norme actuelle pour que le test renvoie un résultat positif.
La Food and Drug Administration a déclaré dans un communiqué envoyé par courrier électronique qu’elle ne spécifiait pas les plages de seuils de cycle utilisées pour déterminer qui est positif, et que «les fabricants commerciaux et les laboratoires établissent les leurs».
Les Centers for Disease Control and Prevention ont déclaré qu’ils examinaient l’utilisation de mesures de seuil de cycle «pour les décisions politiques». L’agence a déclaré qu’elle devrait collaborer avec la FDA et avec les fabricants d’appareils pour s’assurer que les mesures «peuvent être utilisées correctement et avec l’assurance que nous savons ce qu’elles signifient».
Les propres calculs du CDC suggèrent qu’il est extrêmement difficile de détecter un virus vivant dans un échantillon au-dessus d’un seuil de 33 cycles. Les responsables de certains laboratoires d’État ont déclaré que le CDC ne leur avait pas demandé de noter les valeurs de seuil ou de les partager avec les organisations de recherche de contacts.
Par exemple, le laboratoire d’État de Caroline du Nord utilise le test du coronavirus Thermo Fisher, qui classe automatiquement les résultats en fonction d’un seuil de 37 cycles. Une porte-parole du laboratoire a déclaré que les testeurs n’avaient pas accès aux chiffres précis.
Cela représente une énorme opportunité manquée d’en savoir plus sur la maladie, ont déclaré certains experts.
« C’est juste un peu époustouflant pour moi que les gens n’enregistrent pas les valeurs CT de tous ces tests – qu’ils retournent juste un positif ou un négatif », a déclaré Angela Rasmussen, virologue à l’Université Columbia à New York.
«Ce serait une information utile pour savoir si quelqu’un est positif, s’il a une charge virale élevée ou une charge virale faible», a-t-elle ajouté.
Les fonctionnaires du Wadsworth Center, le laboratoire de l’État de New York, ont accès aux valeurs CT des tests qu’ils ont traités et analysé leurs nombres à la demande du Times. En juillet, le laboratoire a identifié 794 tests positifs, sur la base d’un seuil de 40 cycles.
Avec un seuil de 35, environ la moitié de ces tests ne seraient plus considérés comme positifs. Environ 70% ne seraient plus jugés positifs si les cycles étaient limités à 30.
Dans le Massachusetts, de 85 à 90% des personnes testées positives en juillet avec un seuil de cycle de 40 auraient été jugées négatives si le seuil était de 30 cycles, a déclaré Mina. «Je dirais qu’aucune de ces personnes ne devrait être recherchée, pas une seule», a-t-il déclaré.
D’autres experts informés de ces chiffres ont été stupéfaits.
«Je suis vraiment choqué que cela puisse être aussi élevé – la proportion de personnes ayant des résultats de haute valeur CT», a déclaré le Dr Ashish Jha, directeur du Harvard Global Health Institute. «Mon garçon, cela change-t-il vraiment la façon dont nous devons penser aux tests?»
Jha a déclaré qu’il avait considéré le test PCR comme un problème car il ne pouvait pas s’adapter au volume, à la fréquence ou à la vitesse des tests nécessaires. «Mais ce que je réalise, c’est qu’une partie vraiment importante du problème est que nous ne testons même pas les personnes que nous devons tester», a-t-il déclaré.
Le nombre de personnes avec des résultats positifs qui ne sont pas infectieux est particulièrement préoccupant, a déclaré Scott Becker, directeur exécutif de l’Association of Public Health Laboratories. «Cela m’inquiète beaucoup, simplement parce que c’est si élevé», a-t-il déclaré, ajoutant que l’organisation avait l’intention de rencontrer Mina pour discuter de la question.
La FDA a noté que les personnes peuvent avoir une faible charge virale lorsqu’elles sont nouvellement infectées. Un test moins sensible manquerait ces infections.
Mais ce problème est facilement résolu, a déclaré Mina: « Testez-les à nouveau, six heures plus tard ou 15 heures plus tard ou autre chose », a-t-il déclaré. Un test rapide permettrait de trouver ces patients rapidement, même s’il était moins sensible car leur charge virale augmenterait rapidement.
Les tests PCR ont toujours un rôle, ont déclaré lui et d’autres experts. Par exemple, leur sensibilité est un atout lors de l’identification des personnes nouvellement infectées à s’inscrire à des essais cliniques de médicaments.
Mais avec 20% ou plus de personnes testées positives pour le virus dans certaines régions du pays, Mina et d’autres chercheurs remettent en question l’utilisation des tests PCR comme outil de diagnostic de première ligne.
Les personnes infectées par le virus sont les plus contagieuses d’un jour ou deux avant l’apparition des symptômes jusqu’à environ cinq jours après. Mais aux taux de test actuels, «vous n’allez pas le faire assez souvent pour avoir une chance de vraiment capturer quelqu’un dans cette fenêtre», a ajouté Mina.
Les tests PCR très sensibles semblaient être la meilleure option pour suivre le coronavirus au début de la pandémie. Mais pour les épidémies qui font rage maintenant, a-t-il déclaré, ce sont des tests de coronavirus qui sont rapides, bon marché et suffisamment abondants pour tester fréquemment tous ceux qui en ont besoin – même si les tests sont moins sensibles.
« Il pourrait ne pas attraper toutes les personnes qui transmettent, mais il attrapera certainement les personnes les plus transmissibles, y compris les super-épandeurs », a déclaré Mina. «Cela seul conduirait pratiquement à zéro les épidémies.»
Apoorva Mandavilli vers 2020 The New York Times Company
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