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Le virus SARS-CoV-2 n’arrêtera tout simplement pas d’évoluer et disparaîtra avec l’arrivée du vaccin

Les vaccins offrent au système immunitaire du corps un aperçu du virus, puis le système immunitaire élabore une vaste attaque.

Dans un essai de 1988 sur les pandémies, Joshua Lederberg, lauréat du prix Nobel et président de l’Université Rockefeller, a rappelé à la communauté médicale qu’en matière de maladies infectieuses, les lois de Darwin sont aussi importantes que les vaccins de Pasteur.

Alors que la médecine combat les bactéries et les virus, ces organismes continuent de subir des mutations et de développer de nouvelles caractéristiques.

Lederberg a conseillé la vigilance: «Nous n’avons aucune garantie que la compétition évolutionnaire naturelle des virus avec l’espèce humaine nous trouvera toujours vainqueur.»

Avec l’émergence de ce qui semble jusqu’à présent être des vaccins candidats sûrs et efficaces, il semble que l’humanité puisse être à nouveau la gagnante cette fois-ci, bien qu’avec une terrible perte de vie.

Mais les vaccins ne mettront pas fin à l’évolution de ce coronavirus , comme David A. Kennedy et Andrew F. Read de Penn State, spécialistes de la résistance virale aux vaccins, l’ont récemment écrit dans PLoS Biology. Au lieu de cela, ils pourraient même conduire à de nouveaux changements évolutifs.

Il y a toujours une chance, bien que faible, écrivent les auteurs, que le virus puisse développer une résistance à un vaccin, ce que les chercheurs appellent «une fuite virale». Ils demandent instamment de surveiller les effets des vaccins et la réponse virale, au cas où.

«Rien de ce que nous disons ne suggère que nous ralentissons le développement des vaccins», a déclaré Kennedy. Un vaccin efficace est de la plus haute importance, a-t-il déclaré: «Mais assurons-nous qu’il reste efficace.»

Les fabricants de vaccins pourraient utiliser les résultats des prélèvements nasaux prélevés sur des volontaires au cours des essais pour rechercher tout changement génétique du virus. Les résultats des tests n’ont pas besoin d’arrêter ou de ralentir le déploiement du vaccin, mais si les receveurs du vaccin avaient des changements dans le virus que ceux qui ont reçu le placebo n’avaient pas, cela indiquerait «le potentiel d’évolution de la résistance», ce que les chercheurs devraient continuer à surveiller.

Il y a quelques raisons d’être optimiste que le coronavirus ne deviendra pas résistant aux vaccins. Il y a plusieurs années, Kennedy et Read ont présenté une analyse de la différence entre la résistance aux médicaments et aux vaccins. Ni les bactéries ni les virus n’évoluent de résistance aux vaccins aussi facilement qu’aux médicaments, ont-ils écrit. Le vaccin antivariolique n’a jamais perdu de son efficacité, pas plus que les vaccins contre la rougeole ou la polio, malgré des années d’utilisation.

Les antibiotiques, en revanche, peuvent rapidement devenir inutiles car les bactéries et autres agents pathogènes comme les virus et les champignons développent leurs défenses. Et la résistance augmente également à d’autres médicaments.

Les raisons ont à voir avec les principes fondamentaux de l’évolution et de l’immunité. Les deux principales différences sont que les vaccins agissent généralement plus tôt que les médicaments et que la réponse immunitaire naturelle qu’ils favorisent est généralement plus variée, avec plus de lignes d’attaque. Un médicament peut être étroitement ciblé, attaquant parfois une voie métabolique ou un processus biochimique.

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Avec la plupart des médicaments, le virus ou la bactérie s’est déjà reproduit dans le corps du patient et si une variante réussit mieux à survivre à l’attaque du médicament, elle continuera à se développer et peut-être se transmettra à une autre personne. Une combinaison de médicaments, comme avec le traitement du VIH, peut être plus efficace car elle déclenche une attaque à plusieurs volets

Les vaccins, par contre, agissent tôt, avant que le virus ne commence à proliférer et peut-être à changer dans le corps du patient. Il n’y a donc pas de nouvelles variantes, comme celles forgées dans le feu d’une attaque de drogue pour se développer et se propager à partir de la personne infectée.

Les vaccins offrent au système immunitaire du corps un aperçu du virus, puis le système immunitaire élabore une vaste attaque. Par exemple, après un vaccin contre le tétanos, le système immunitaire d’une personne peut produire 100 anticorps différents.

Certains vaccins, cependant, poussent les virus à faire évoluer la résistance, ont noté Kennedy et Read dans leur article de 2015. Un vaccin a arrêté la maladie de Marek, une maladie chez les poulets qui est importante sur le plan commercial. Mais le virus pourrait encore infecter les poulets. Il s’est répliqué et s’est propagé sans provoquer de maladie et est rapidement devenu résistant.

Chez les humains, un type de bactérie responsable de la pneumonie a développé une résistance à un vaccin lorsque les bactéries se sont recombinées dans la nature avec des souches existantes naturellement résistantes. Un vaccin contre l’hépatite B a créé des anticorps ciblant une seule petite partie d’une protéine – une boucle composée de neuf acides aminés, ce qui est minuscule en termes de protéines. Cela n’a pas créé une large attaque. Un vaccin contre la coqueluche semble également conduire la résistance. Il a fonctionné pour repousser la maladie, mais n’a ciblé que quelques protéines et n’a pas été efficace pour arrêter l’infection et la transmission du virus.

Le coronavirus les vaccins en cours de développement utilisent différents moyens pour amener le système immunitaire à réagir. Certains coronavirus les vaccins en cours de développement ou utilisés en Russie et en Chine utilisent des particules virales entières, inactivées ou atténuées, pour déclencher une réponse du système immunitaire.

De nombreux autres vaccins candidats, comme ceux de Pfizer et Moderna, en cours d’examen par la Food and Drug Administration pour une première utilisation dès décembre, sont destinés à amener le système immunitaire à réagir à une partie seulement du coronavirus. , la protéine dite de pointe, qui semble offrir moins de cibles.

Mais Kennedy a dit que ce n’était pas nécessairement un problème.

«Un vaccin basé uniquement sur la protéine de pointe a le potentiel de générer une large réponse immunitaire», a-t-il déclaré, «car il existe plusieurs sites sur la protéine de pointe où des anticorps neutralisants puissants peuvent se lier.

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Bien que ce soient les premiers vaccins qui utilisent des particules d’ARN pour demander aux cellules de fabriquer une protéine virale, d’autres vaccins utilisent des parties du virus plutôt que le tout. Jusqu’à présent, a déclaré Kennedy, il n’y avait aucune preuve montrant qu’un type de vaccin serait plus susceptible de provoquer une résistance.

«Nous avons vu la résistance aux vaccins évoluer contre de nombreux types de vaccins», a-t-il déclaré, «mais il existe également de nombreux exemples pour chacun de ces types de cas où la résistance n’est jamais apparue.»

La résistance peut également évoluer d’une manière qui ne dépend pas de la façon dont un vaccin agit. Il peut déjà y avoir des variantes du coronavirus qui sont moins sensibles aux actions des vaccins. Cette préoccupation a incité le Danemark à annoncer qu’il abattrait tout son vison car une variante du virus était apparue chez le vison, ce qui a montré dans des tests de laboratoire très préliminaires que certains anticorps étaient moins efficaces contre lui.

L’inquiétude s’est atténuée depuis que les Danois ont annoncé le problème, les scientifiques et l’Organisation mondiale de la santé affirmant qu’ils ne voyaient encore aucune preuve que la variante interférerait avec les vaccins en développement.

Mais le Danemark, après la démission d’un ministre, qui a annoncé l’abattage trop tôt, et un débat législatif qui semble aboutir à l’approbation de l’abattage, envisage toujours de tuer tous les visons du pays.

Et les scientifiques disent que la prudence dans ce genre de situation a du sens. À mesure qu’un virus passe des personnes aux animaux et vice-versa, comme c’est le cas avec le vison, il y a plus d’opportunités pour des changements dans l’ARN du virus, des changements qui pourraient conduire à une résistance.

Des chercheurs de l’Université de Pittsburgh ont découvert une sorte de mutation qui n’avait pas été vue dans le coronavirus es avant et soulève de nouvelles inquiétudes quant à l’évolution de la résistance aux vaccins.

Dans leur recherche de mutations, les chercheurs se sont principalement concentrés sur le retournement d’une lettre génétique à une autre – une sorte de mutation connue sous le nom de substitution. Mais Paul Duprex et ses collègues ont découvert que les virus mutant chez un patient infecté de manière chronique évoluaient différemment: ils perdaient des ensembles de lettres génétiques.

En règle générale, une mutation qui supprime une lettre génétique est catastrophique pour un virus. Nos cellules lisent trois lettres génétiques à la fois pour choisir un nouveau bloc de construction à ajouter à une protéine en croissance. La suppression d’une lettre génétique peut entièrement brouiller les instructions d’une protéine virale, de sorte qu’elle ne peut pas former une forme fonctionnelle.

Mais Duprex et ses collègues ont constaté que le coronavirus Les patients peuvent perdre des lettres génétiques et rester viables. Le secret: les virus ont perdu des lettres génétiques par groupes de trois. Au lieu de détruire la recette génétique d’une protéine virale, les mutations ont extrait un ou plusieurs acides aminés.

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Autant Duprex méprise la pandémie, autant il a du mal à ne pas admirer l’élégance de ces mutations.

«C’est tellement cool, c’est génial», dit-il.

Ayant trouvé ces mutations de suppression dans les virus d’une personne, Duprex et ses collègues se sont demandé à quel point elles étaient courantes.

Recherche dans les bases de données publiques du coronavirus génomes, ils ont découvert que les délétions étaient étonnamment répandues.

«Cela se passe de manière indépendante dans différentes parties du monde», a déclaré Duprex.

Il s’avère que toutes les suppressions ne se produisent que dans une région, la protéine de pointe. Duprex et ses collègues ont découvert que les délétions dans le gène du pic n’empêchaient pas le coronavirus des cellules infectantes.

Duprex et ses collègues ont publié leur étude en ligne le 19 novembre. Elle n’a pas encore été publiée dans une revue à comité de lecture. Les chercheurs infectent maintenant les animaux avec des virus mutants par délétion pour mieux comprendre le risque qu’ils peuvent présenter pour les vaccins.

« Eh bien, ce papier ne fait rien pour réduire l’anxiété! » Lire dit dans un e-mail. «Ce sont les premières données suggérant fortement que le virus a le potentiel d’échapper à l’immunité humaine.»

Mais Read et Kennedy soutiennent que l’évolution virale ne condamnera pas nécessairement les vaccins. Les fabricants de vaccins doivent simplement en rester conscients et concevoir de nouveaux vaccins si nécessaire.

Et il existe de nombreuses variétés de vaccins en développement. Les deux premiers approchant l’approbation aux États-Unis utilisent tous deux une part importante d’ARN viral pour entraîner le système immunitaire. D’autres vaccins en cours de développement utilisent le virus entier. Et différents vaccins délivrent le virus ou une partie de celui-ci de différentes manières, ce qui pourrait provoquer une réponse immunitaire différente.

James Gorman et Carl Zimmer vers 2020 The New York Times Company

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