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Un mystérieux «  gène dans un gène  » trouvé dans le coronavirus

Les chercheurs ont découvert un gène mystérieux dans le code génétique du coronavirus SARS-CoV-2 – un segment pratiquement caché dans le génome du virus, et largement négligé jusqu’à présent.

Le gène nouvellement identifié – appelé ORF3d – est un exemple de ce qu’on appelle un gène qui se chevauche: une sorte de «gène dans un gène» qui est effectivement dissimulé dans une chaîne de nucléotides, en raison de la façon dont il chevauche les séquences codées d’autres gènes.

«En termes de taille du génome, le SRAS-CoV-2 et ses parents font partie des virus à ARN les plus longs qui existent», explique le bioinformaticien Chase Nelson de l’American Museum of Natural History.

« Ils sont donc peut-être plus enclins à la » supercherie génomique « que les autres virus à ARN. »

Les virus sont en fait assez enclins à héberger des gènes qui se chevauchent, ce n’est donc pas vraiment une découverte choquante. Qu’il s’agisse ORF3d représente vraiment une supercherie génomique reste à voir, mais dans tous les cas, c’est certainement difficile à voir.

Les gènes qui se chevauchent sont difficiles à identifier dans les séquences génétiques, car les systèmes de balayage génomique peuvent souvent les manquer lorsqu’ils parcourent des chaînes de code génétique: programmés pour capturer des gènes individuels, mais ne voyant pas nécessairement les instructions globales partagées entre les nucléotides des gènes adjacents dans une séquence.

Dans le contexte de virus comme le SRAS-CoV-2, cela pourrait créer un angle mort grave. Les scientifiques s’efforcent de comprendre le plus possible ce virus dévastateur depuis le début de cette année, et bien que certains aspects de sa constitution génétique aient été élucidés (y compris le ferme consensus selon lequel il n’a pas été «  fabriqué en laboratoire  »), beaucoup reste que nous ne savons tout simplement pas encore.

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«L’absence de gènes qui se chevauchent nous met en danger de négliger des aspects importants de la biologie virale», dit Nelson.

« Les gènes qui se chevauchent peuvent être l’un des nombreux moyens par lesquels les coronavirus ont évolué pour se répliquer efficacement, contrecarrer l’immunité de l’hôte ou se transmettre. »

Pour ce qui est de ORF3d, il reste encore beaucoup à apprendre sur la raison pour laquelle il est là, caché dans le génome et chevauchant d’autres gènes.

En parcourant les bases de données génomiques, les chercheurs ont découvert que le gène avait déjà été identifié, mais seulement dans une variante du coronavirus qui affecte les pangolins (trouvée dans le Guangxi, en Chine).

Il a également été précédemment classé à tort comme un gène non apparenté, ORF3b – qui est présent dans d’autres coronavirus, y compris le SRAS-CoV – mais ils ne sont pas en fait la même chose.

« Les deux gènes ne sont pas liés et codent pour des protéines totalement différentes », Nelson dit. « Cela signifie que les connaissances sur le SRAS-CoV ORF3b ne doit pas être appliqué au SRAS-CoV-2 ORF3d. « 

Une chose que nous savons sur le gène mystérieux, basé sur des analyses sanguines antérieures avec des patients humains COVID-19, est que ORF3d suscite une forte réponse anticorps.

Quant à savoir si les lymphocytes T seraient également déclenchés – ou à quels autres buts viraux le chevauchement ORF3d pourrait avoir – nous sommes toujours dans le noir. Cela pourrait être relativement bénin. Ça pourrait ne pas l’être.

«Nous ne connaissons pas encore sa fonction ou s’il y a une signification clinique», dit Nelson.

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« Mais nous prédisons que ce gène est relativement peu susceptible d’être détecté par une réponse des lymphocytes T, contrairement à la réponse anticorps. Et peut-être que cela a quelque chose à voir avec la façon dont le gène a pu apparaître. »

Une chose est sûre. Dans un virus qui ne possède qu’environ 15 gènes connus, la découverte d’un autre – sans parler d’un gène qui se chevauche – est un développement important. À quel point les scientifiques vont maintenant essayer de le découvrir.

Les résultats sont rapportés dans eLife.

Cet article a été initialement publié par ScienceAlerte. Lire l’article original ici.

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