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Souche de coronavirus mutant trouvée au Royaume-Uni: est-ce plus dangereux, qu’est-ce que cela signifie pour le vaccin, et autres questions fréquentes

On prévoit que l’efficacité du vaccin ne sera pas significativement entravée par des mutations de la souche de coronavirus.

Une nouvelle variante du SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19 , semble entraîner une transmission accrue de la maladie dans certaines régions du Royaume-Uni. Le gouvernement a placé certaines régions, dont Londres, sous de nouvelles plus stricte coronavirus restrictions, connu sous le nom de niveau 4. Les personnes vivant dans les zones de niveau 4 ne pourront pas se réunir avec qui que ce soit en dehors de leur foyer pour Noël, tandis que celles du reste du pays ne pourront se réunir que le jour de Noël lui-même. Boris Johnson, le Premier ministre, et ses principaux conseillers scientifiques ont déclaré que le une nouvelle variante pourrait augmenter la transmission de COVID-19[feminine jusqu’à 70 pour cent et augmenter le R ou le nombre de reproduction de 0,4 pour cent.

Quelle est la signification de cette nouvelle découverte? La conversation a demandé à Lucy van Dorp, chercheuse en génomique microbienne et experte en évolution des pathogènes, quelques questions clés sur ce que nous savons à ce stade.

Que savons-nous de cette nouvelle variante?

La nouvelle variante britannique, connue sous le nom de VUI – 202012/01 ou de la lignée B.1.1.7, a été identifiée pour la première fois dans le comté de Kent le 20 septembre. Matt Hancock, le secrétaire à la santé, a annoncé pour la première fois l’existence de la variante le 14 décembre; il a ensuite été confirmé par Santé publique Angleterre et le Royaume-Uni COVID-19[feminine consortium de séquençage.

La variante porte 14 mutations définissant dont sept dans le protéine de pointe, la protéine qui médie l’entrée du virus dans les cellules humaines. Il s’agit d’un nombre relativement important de changements par rapport aux nombreuses variantes que nous avons en circulation dans le monde.

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Illustration CDC du coronavirus . Image: CDC / Unsplash

À ce jour, les profils génétiques – ou génomes – de cette variante ont été en grande partie séquencés et partagés depuis le Royaume-Uni, mais en incluent certains au Danemark et deux cas en Australie. Il y a également eu des rapports d’un cas aux Pays-Bas. Ces pays ont tous de très gros efforts de séquençage du génome et il est très possible que ces observations ne reflètent pas la véritable distribution de cette variante du virus, qui pourrait exister sans être détectée ailleurs. Nous en saurons davantage à mesure que davantage de génomes seront générés et partagés.

Grâce aux efforts de partage de données, de surveillance génomique et de COVID-19 résultats des tests au Royaume-Uni, il semble que cette variante commence maintenant à dominer les versions existantes du virus et qu’elle pourrait être responsable d’une proportion croissante de cas dans certaines parties du pays, en particulier dans les régions où nous avons également des cas en expansion rapide. Nombres.

Il est toujours très difficile de démêler les causes et les effets dans ces cas. Par exemple, l’augmentation de l’apparition de certaines mutations peut être due à des lignées virales qui les portent en augmentation de fréquence simplement parce qu’elles se trouvent être celles présentes dans une zone où la transmission est élevée, par exemple, en raison des activités humaines ou du choix des interventions.

Bien que ce soit encore une possibilité, il y a suffisamment d’observations concernant jusqu’à présent pour cette variante pour justifier une caractérisation, une surveillance et des interventions très soignées pour enrayer la transmission.

Est-ce plus dangereux?

Chris Whitty, le médecin-chef, a déclaré clairement qu’il n’y avait aucune preuve à ce jour que cette variante modifie la gravité de la maladie, que ce soit en termes de mortalité ou de gravité des cas de COVID-19 pour les personnes infectées. Des travaux sont en cours pour le confirmer.

Comment se produisent les mutations virales?

Les mutations font naturellement partie de l’évolution du virus. Dans le cas du SRAS-CoV-2, ces mutations peuvent survenir en raison d’erreurs aléatoires lors de la réplication du virus, être induites par des protéines antivirales chez des personnes infectées, ou via un brassage génétique – connu sous le nom de recombinaison. Bien que des signes de recombinaison ne soient actuellement pas détectés dans le SRAS-CoV-2.

On s’attend à ce que la plupart des mutations virales n’aient aucun impact. Par exemple, lorsque notre équipe a évalué les remplacements de mutations individuelles dans plus de 50000 génomes de la première vague de la pandémie, nous n’en avons détecté aucun qui altérait de manière significative l’aptitude virale – la capacité du virus à survivre et à se reproduire.

Cependant, de temps en temps, une mutation, ou dans ce cas une combinaison particulière de mutations, peut être chanceuse et offrir au virus un nouvel avantage. Les virus porteurs de ces combinaisons de mutations peuvent alors augmenter en fréquence par sélection naturelle dans un environnement épidémiologique approprié.

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Image représentative.

D’où vient la variante?

En ce moment, nous ne savons pas. À ce jour, les scientifiques n’ont identifié aucun virus étroitement apparenté pour étayer la théorie selon laquelle la variante avait été introduite de l’étranger. Les schémas de mutations observés sont plus favorables à une période prolongée d’évolution adaptative très probablement au Royaume-Uni sur la base des données actuelles.

Similaire modèles de mutation à ceux-ci ont été observé dans l’évolution du SRAS-CoV-2 en cas d’infection chronique patients dont le système immunitaire est plus faible. L’hypothèse actuelle est qu’un tel scénario d’infection chronique, chez un seul patient, peut avoir joué un rôle dans le origine de cette variante. Cela continuera à être étudié.

Combien de variations du SRAS-CoV-2 avons-nous trouvées?

Il existe plusieurs milliers de lignées de SRAS-CoV-2 qui ne diffèrent en moyenne que par un petit nombre de mutations déterminantes. Il reste vrai que le SRAS-CoV-2 actuellement en circulation mondiale a peu de diversité génomicindique. Des subtilités dans les mutations portées dans différentes lignées peuvent cependant être très utiles pour reconstruire les modèles de transmission.

À titre d’exemple, le travail au début de la pandémie a utilisé des affectations de lignage pour identifier au moins mille introductions du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni.

Pourquoi celui-ci est-il différent?

Il est important de noter que de nombreuses mutations définissant la variante britannique ont été observées dans le SRAS-CoV-2 avant et même parfois assez tôt dans la pandémie.

Pourtant, la variante britannique, ou lignée, est définie par un nombre et une combinaison inhabituels de mutations. L’une de ces mutations, N501Y, a déjà montré qu’elle augmentait la liaison du virus aux récepteurs de nos cellules. N501Y a été séquencé pour la première fois dans un virus au Brésil en avril 2020 et est actuellement associé à un La variante du SRAS-CoV-2 augmente également en fréquence en Afrique du Sud – une lignée indépendante de B.1.1.7 qui est également préoccupante.

Les délétions particulières identifiées dans la protéine de pointe de B.1.1.7 sont apparues dans plusieurs autres lignées du virus à une fréquence croissante et sont également observées dans les infections chroniques où elles peut modifier l’antigénicité – reconnaissance par des anticorps immunitaires. Ces délétions peuvent également être associées à d’autres mutations dans la région de liaison du coronavirus protéine de pointe, y compris celles observées dans les infections chez les visons d’élevage et une mutation qui joue un rôle dans la capacité du virus à échapper au système immunitaire chez l’homme. B.1.1.7 contient également un gène ORF8 tronqué, avec des délétions dans cette région précédemment associées à une diminution de la gravité de la maladie.

L’effet fonctionnel de ces mutations et délétions, en particulier lorsqu’ils sont dans la combinaison indiquée en B.1.1.7, reste à déterminer. Le nombre élevé de mutations et l’augmentation récente de la prévalence de cette variante particulière, ainsi que la pertinence biologique de certains des candidats à la mutation, soulignent la nécessité d’une étude approfondie.

Qu’est-ce que cela signifie pour le vaccin?

Pour le moment, nous ne savons pas. Bien que nous devions être rassurés sur le fait que les vaccins stimulent une large réponse anticorps à l’ensemble de la protéine de pointe, il est donc prévu que leur efficacité ne sera pas significativement entravée par des mutations. Ceci est déjà testé.

Cependant, il existe de plus en plus de preuves que d’autres espèces de coronavirus saisonnier es montrent une certaine capacité à échapper à l’immunité sur des périodes plus longues.

Il est donc concevable que nous puissions atteindre un point où nous sommes obligés de mettre à jour notre COVID-19 vaccins, comme nous le faisons pour la grippe, pour refléter les variantes en circulation à l’époque. Il est trop tôt pour dire si ce sera le cas maintenant, mais un séquençage complet du génome, un partage de données et un rapport normalisé des variantes seront essentiels pour éclairer ces efforts.

Cet article est republié à partir de La conversation sous une licence Creative Commons. Lis le article original.

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