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Sept lignées de SRAS-CoV-2 identifiées au Nigéria: pourquoi c’est important

Sept Lignées De Sras Cov 2 Identifiées Au Nigéria: Pourquoi C'est Important

À la première semaine d’août 2020, la pandémie de COVID-19 avait causé environ 654000 décès dans le monde. Au Nigéria, au 28 juillet, il y avait 38 945 cas confirmés enregistrés avec 813 décès.

La pandémie a frappé le continent africain en dernier, et les chiffres restent relativement faibles pour la plupart des pays. Mais il y a une forte opinion parmi les scientifiques que les données enregistrées sur le continent sont sous-estimées alors que les pays luttent pour les tests.

Alors que le travail effréné se poursuit pour trouver un vaccin, des pays comme le Nigéria continuent de faire tout leur possible pour freiner la propagation du virus.

Au Nigéria, cela comprend le soutien du secteur public et privé et du monde universitaire. Un exemple du travail en cours est le test et la recherche entrepris au Centre africain d’excellence pour la génomique des maladies infectieuses, Université Redeemer, Ede, État d’Osun. Le centre s’est concentré sur la recherche sur les maladies infectieuses, notamment le paludisme, la fièvre de Lassa, le virus Ebola, le VIH, la fièvre jaune et plus récemment le SRAS-CoV-2.

Le Nigéria a enregistré sa première infection à coronavirus le 27 février 2020, via un immigrant italien dont les échantillons ont été envoyés au Centre africain d’excellence pour la génomique des maladies infectieuses par le Centre nigérian de contrôle des maladies pour le séquençage du génome. À la suite de ces travaux, les premières données de séquence du SRAS-CoV-2 sur le continent africain ont été publiées le 6 mars 2020.

Le séquençage du génome nous aide à comprendre le virus, son épidémiologie et son évolution. À l’échelle mondiale, il n’existe qu’une seule souche de SRAS-CoV-2, qui est également la même que la souche circulant au Nigéria. Cependant, il existe plus de 1 000 lignées de ce nouveau virus en circulation dans le monde.

La classification des lignées est basée sur des mutations ou des variantes génétiques qui relient le type ancestral à la génétique des descendants, qui ne changent pas la physiologie du virus.

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Fondamentalement, les lignées virales se forment lorsque les mutations qui se produisent ne changent pas la protéine virale codée. Cependant, toute mutation conduisant à un changement de pathogénicité virale, de virulence ou d’immunogénicité deviendra une nouvelle souche.

Si une mutation affecte la partie d’un virus que le système immunitaire utilise pour neutraliser le virus, cela devient alors une souche qui peut infecter des personnes précédemment infectées ou vaccinées. Un exemple de ceci se produit avec le virus de la grippe, c’est pourquoi un nouveau vaccin est nécessaire pour la grippe saisonnière chaque année.

Nous avons jusqu’à présent identifié sept de ces plus de 1000 lignées au Nigeria. Chaque lignée représente des séquences de différents pays.

Les lignées

Certaines des lignées ont des sources d’origine qui se chevauchent.

La première lignée représente les séquences virales de la Chine et des exportations mondiales, y compris l’Asie du Sud-Est, le Japon, la Corée du Sud, l’Australie, les États-Unis et l’Europe.

La deuxième lignée représente une séquence virale de l’épidémie italienne. Le troisième représente une nouvelle lignée européenne. Le quatrième représente des séquences du Royaume-Uni, d’Islande et de Turquie.

Le cinquième représente des séquences des Pays-Bas, de Turquie, d’Arabie saoudite, d’Egypte, de Finlande et d’Angleterre. Le sixième représente une séquence des Pays-Bas. Le septième représente des séquences de Turquie, d’Arabie saoudite, d’Égypte, de Finlande et d’Angleterre.

Les lignées identifiées au Nigéria ne sont pas différentes de celles identifiées dans d’autres parties du monde et il n’y a pas de rapports de souches ou de lignées uniques au Nigéria jusqu’à présent.

Le nombre de lignées circulant au Nigéria sera mis à jour au fur et à mesure que nous générons plus de données de séquence, en tenant compte des preuves actuelles de transmission communautaire.

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Il est important de suivre les lignées car elles peuvent être très utiles pour déterminer comment un virus se propage à travers les communautés ou les populations. Cela signifie que si une nouvelle souche devait apparaître, les scientifiques disposeraient d’informations importantes pour la contenir. Ceci est particulièrement important pour la région africaine car si la nouvelle souche s’avérait plus virulente ou plus transmissible, elle exercerait une forte pression sur les systèmes de santé faibles.

Ce qu’une mutation dans le SRAS-CoV-2 pourrait signifier

Une mutation dans SARS-CoV-2 pourrait conférer un avantage au virus. Par exemple, un virus avec une mutation avantageuse pourrait affecter les humains plus facilement, se propageant ainsi plus facilement entre les personnes; il pourrait être moins reconnu par le système immunitaire, ou plus pathogène.

Des rapports récents suggèrent que de nouvelles «souches» de SRAS-CoV-2 sont apparues par mutation qui ont le potentiel d’augmenter la gravité de la pandémie.

Une étude a analysé un ensemble de mutations dans la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 et a conclu qu’une mutation spécifique avait augmenté en fréquence à mesure que le virus se propageait de Chine en Europe, en Amérique du Nord et en Australie. Les auteurs ont conclu que cette augmentation de fréquence était due au fait que la mutation avait rendu le virus plus transmissible.

Les scientifiques nigérians, comme ailleurs, suivent ces développements de très près. Il y a une tendance à l’augmentation du nombre de cette mutation de protéine de pointe au Nigéria.

Pourquoi est-ce important

La surveillance continue des changements ou mutations génétiques viraux est importante car elle fournit des informations précieuses sur l’évolution du virus et ses implications.

Si une mutation survient dans la région du virus qui a été utilisée pour développer le vaccin, le vaccin ne sera pas aussi efficace. C’est ce qui se passe dans le cas des vaccins contre la grippe, car le virus continue de muter en une nouvelle souche.

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Nous ne savons pas encore grand chose sur le SRAS-CoV-2. Et nous ne savons pas si le virus va muter en une nouvelle souche sur toute la ligne. Si cela se produit, cela pourrait nécessiter le développement d’un nouveau vaccin.

Rien ne peut être fait pour empêcher les virus de muter. Ils le font naturellement comme stratégie de survie. Ces mutations se produisent lorsque le virus fait une erreur lors de la réplication de son ADN ou de son ARN, ou en raison d’une pression sélective.

Actuellement, les chercheurs s’efforcent de déterminer combien de souches de SRAS-Cov-2 médicalement pertinentes circulent et quelles en sont les conséquences pour le traitement et le développement de vaccins.

Cet article a été initialement publié sur The Conversation. La publication a contribué à l’article à Expert Voices de 45secondes.fr: Op-Ed & Insights.

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