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Origines du COVID-19 : devrions-nous prêter plus d’attention à la théorie des fuites de laboratoire et l’enquêter officiellement ?

Un an et demi après le début de la pandémie, on ne sait toujours pas exactement d’où vient le virus SARS-CoV-2, qui cause le Covid-19. Jusqu’à présent, l’opinion dominante était que le virus s’était « déversé » des chauves-souris aux humains. Mais il y a de plus en plus d’appels pour enquêter sur la possibilité qu’il soit sorti d’un laboratoire à Wuhan, en Chine, où Covid est apparu pour la première fois fin 2019.

Alors, que savons-nous avec certitude et que devons-nous encore découvrir ?

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On ne sait pas comment le virus est arrivé à Wuhan, comment sa séquence a évolué pour permettre l'infection humaine, et dans quelles conditions il a infecté les premières personnes qui ont croisé son chemin.  Et pour chacune de ces étapes, on ne sait pas s'il y a eu un apport humain (direct ou indirect).  Crédit image : Wikipédia

On ne sait pas comment le virus est arrivé à Wuhan, comment sa séquence a évolué pour permettre l’infection humaine, et dans quelles conditions il a infecté les premières personnes qui ont croisé son chemin. Et pour chacune de ces étapes, on ne sait pas s’il y a eu un apport humain (direct ou indirect). Crédit image : Wikipédia

Nous savons que la séquence du virus SARS-CoV-2 est Fermer pour lequel coronavirus de chauve-souris. Plusieurs il y a des décennies son « ancêtre » circulait dans les populations de chauves-souris du sud de l’Asie.

Mais il reste encore de nombreuses questions sans réponse : on ne sait pas comment le virus est arrivé à Wuhan, comment sa séquence a évolué pour permettre l’infection humaine, et dans quelles conditions il a infecté les premières personnes qui ont croisé son chemin. Et pour chacune de ces étapes, on ne sait pas s’il y a eu un apport humain (direct ou indirect).

Les voies de transmission des zoonoses, c’est-à-dire le passage des virus de l’animal à l’homme, sont désormais largement documenté autour du monde. Les scientifiques considèrent même qu’il s’agit d’un principal mécanisme de propagation de nouveaux virus.

Mais le fait que la pandémie ait commencé à proximité d’un principal centre de recherche sur les virus spécialisé dans l’étude des coronavirus à potentiel épidémique chez l’homme – le Wuhan Institute of Virology – a donné lieu à une autre hypothèse, la théorie des fuites de laboratoire. Les accidents de laboratoire ont déjà dirigé aux infections humaines, y compris la Pandémie de grippe H1N1 de 1977, qui a tué plus de 700 000 personnes.

Quelle théorie est correcte ? En l’absence de preuves définitives et sans promouvoir les théories du complot, il doit y avoir une conversation internationale sérieuse sur l’origine du SRAS-CoV-2.

La théorie des zoonoses

Dans la communauté scientifique, le débat sur l’origine du SARS-CoV-2 a commencé avec la publication de deux articles au tout début de l’épidémie.

Le premier, daté du 19 février 2020, a été publié dans la revue scientifique médicale La Lancette. Cet article, signé par 27 scientifiques, soulignait les efforts des experts chinois pour identifier la source de la pandémie et partager les résultats. Les auteurs ont déploré « les rumeurs et la désinformation » sur les origines du virus, et ont déclaré qu’ils « condamnent fermement les théories du complot suggérant que le Covid-19 n’a pas d’origine naturelle ». Les auteurs ont fondé leur opinion sur les premières données de séquences publiées, mais n’ont pas détaillé les arguments scientifiques soutenant une origine naturelle.

En mars 2020, un autre article publié dans Médecine naturelle fourni une série d’arguments scientifiques en faveur d’une origine naturelle. Les auteurs ont soutenu :

  • L’hypothèse naturelle est plausible, car c’est le mécanisme habituel d’émergence des coronavirus
  • La séquence du SARS-CoV-2 est trop éloignée des autres coronavirus connus pour envisager la fabrication d’un nouveau virus à partir des séquences disponibles
  • Sa séquence ne montre aucune preuve de manipulation génétique en laboratoire.

Ce dernier argument peut être remis en cause, car existent des méthodes qui permettent aux scientifiques de modifier séquences virales sans laisser de trace. Il s’agit notamment de couper le génome en fragments qui peuvent ensuite être réunis ou, plus récemment, d’utiliser le Protocole ISA, où les fragments qui se chevauchent se rassemblent naturellement dans les cellules par recombinaison homologue: un phénomène dans lequel deux molécules d’ADN échangent des fragments. Par ailleurs, la manipulation génétique n’est pas le seul scénario compatible avec un accident ou une fuite de laboratoire.

Nous savons que la séquence du virus SARS-CoV-2 est proche de celle des coronavirus de chauve-souris.  Il y a plusieurs décennies, son « ancêtre » circulait dans les populations de chauves-souris du sud de l'Asie.

Nous savons que la séquence du virus SARS-CoV-2 est proche de celle des coronavirus de chauve-souris. Il y a plusieurs décennies, son « ancêtre » circulait dans les populations de chauves-souris du sud de l’Asie.

Pendant ce temps, des recherches intenses menées depuis plus d’un an pour tenter de prouver le scénario zoonotique n’ont pas abouti jusqu’à présent : tous 80 000 échantillons animaux, d’une trentaine d’espèces, ont été testés négatifs. Les échantillons provenaient d’animaux de ferme et d’animaux sauvages de différentes provinces de Chine. Mais il est important de noter que ce grand nombre d’échantillons négatifs ne réfute pas le scénario zoonotique.

La théorie du laboratoire

Les premiers articles plaidant en faveur de la théorie des accidents de laboratoire ont reçu peu d’attention, peut-être parce qu’ils provenaient de des groupes comme le Bulletin of the Atomic Scientists, qui a tendance à être critique de la technologie, ou des personnes extérieures telles que l’équipe DRASTIC (un acronyme pour « équipe de recherche autonome radicale décentralisée enquêtant sur Covid-19 »).

Composé de 24 autoproclamés « détectives de Twitter » qui sont pour la plupart anonymes à l’exception de quelques scientifiques participant sous leurs vrais noms, le groupe DRASTIC s’est formé sur Twitter en 2020 et s’est donné pour mission d’explorer les origines du SARS-CoV-2. Les informations et arguments du groupe ont été examinés à part entière, repris et développés par certains virologues, microbiologistes et communicateurs scientifiques.

Les premiers articles scientifiques discutant de la possibilité d’un accident de laboratoire sont parus dans des revues scientifiques à comité de lecture en juillet et août 2020 – l’un d’eux co-écrit par un auteur de cet article, Etienne Decroly. La théorie des fuites de laboratoire a gagné en popularité après une Article du 13 mai dans la revue La science, signé par 18 scientifiques, a de nouveau demandé que les origines du SARS-CoV-2 soient examinées.

Alors est-ce possible ? Plusieurs éléments concernant l’émergence du virus soulèvent des questions. En particulier, il a été établi que l’Institut de virologie de Wuhan était gestion des virus fermer au SARS-CoV-2 collecté dans le sud de la Chine.

En plus d’une manipulation génétique directe, un accident de laboratoire pourrait également s’être produit à la suite d’une infection lors d’un prélèvement dans la nature ou lors d’une expérience avec un virus ayant évolué dans cellules ou souris en laboratoire, sans nécessairement manipuler directement son génome.

Comment pouvons-nous le savoir avec certitude?

Dans une enquête au début de cette année, une commission conjointe entre la Chine et l’Organisation mondiale de la santé (OMS) n’a pas réussi à identifier la cause de la pandémie, final qu’une origine zoonotique est la plus probable et que l’hypothèse d’un accident de laboratoire est très improbable. Mais le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a annoncé qu’il y avait encore des questions qui « devra être abordé par des études complémentaires ».

Déterminer si le SRAS-CoV-2 s’est échappé d’un laboratoire nécessitera une enquête plus approfondie dans laquelle les enquêteurs auront accès aux bases de données de séquences ainsi qu’aux diverses ressources utilisées par les chercheurs chinois, y compris les cahiers de laboratoire, les projets soumis, les manuscrits scientifiques, les séquences virales , listes de commandes et analyses biologiques. Malheureusement, les bases de données de séquences pour le SRAS-CoV-2 sont inaccessibles aux scientifiques depuis septembre 2019.

En l’absence de preuves directes, des approches alternatives peuvent fournir des informations supplémentaires. En analysant en détail les séquences disponibles de coronavirus de type SARS-CoV-2, il est possible que la communauté scientifique parvienne à un consensus basé sur des indices solides, comme elle l’a fait pour d’autres épidémies, y compris le virus H1N1 de 1977.

Boîtes noires biologiques

Que l’origine soit zoonotique ou non, il faut s’interroger sur les conséquences de nos interactions avec les écosystèmes, l’industrialisation des élevages intensifs, les protocoles de sécurité de collecte et d’expérimentation sur les virus potentiellement pandémiques, et la multiplication des laboratoires de haute sécurité, en particulier ceux à proximité des mégalopoles.

Nous devons équiper les installations qui étudient les virus de systèmes de sécurité aussi exigeants que ceux utilisés pour l’étude de l’énergie nucléaire. Cela pourrait inclure l’introduction de « boîtes noires biologiques », similaire aux enregistreurs de vol qui permettent aux enquêteurs de recréer les derniers instants d’un accident d’avion. L’accès à certains laboratoires à haut risque pourrait être subordonné à des descriptions numériques détaillées des expériences ; les données de séquençage pourraient être systématiquement archivées ; des filtres à air de laboratoire pourraient être collectés et, en cas de suspicion de dissémination d’agents pathogènes, le matériel génétique à leur surface pourrait être séquencé.

De telles nouvelles mesures de sécurité devraient être mises en place au niveau international pour limiter le risque de futures pandémies. Quant au SARS-CoV-2, il est important de retracer ses origines exactes afin de comprendre précisément quelles failles ont pu conduire à sa propagation.La conversation

Virginie Courtier, Directrice de recherche CNRS, génétique et évolution, Université de Paris et Etienne Decroly, Directeur de recherche en virologie, Aix-Marseille Université (AMU)

Cet article est republié à partir de The Conversation sous une licence Creative Commons. Lire l’article original.

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