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Décoder le code: l’Islande ouvre la voie dans le séquençage des gènes COVID-19

L’Islande a séquencé génétiquement tous ses cas positifs de Covid-19 depuis le début de la pandémie, une pratique de plus en plus vitale alors que de nouvelles souches inquiétantes émergent de Grande-Bretagne et d’Afrique du Sud. Vendredi, l’Organisation mondiale de la santé a exhorté tous les pays à intensifier le séquençage du génome pour aider à lutter contre les variantes émergentes. Les scientifiques du laboratoire du groupe biopharmaceutique islandais deCODE Genetics à Reykjavik ont ​​travaillé sans relâche au cours des 10 derniers mois, analysant chaque test positif de coronavirus en Islande à la demande des autorités sanitaires du pays.

L’objectif est de retracer chaque cas afin d’éviter que les cas problématiques ne passent à travers le filet.

  Décoder le code: l'Islande ouvre la voie dans le séquençage des gènes COVID-19

L’ensemble du processus, de l’isolement de l’ADN au séquençage, peut prendre jusqu’à un jour et demi et a permis à l’Islande d’identifier 463 variantes distinctes – que les scientifiques appellent des haplotypes. Image: CDC / Unsplash

«Le séquençage proprement dit nous prend relativement peu de temps», explique le responsable du laboratoire, Olafur Thor Magnusson, ajoutant qu ‘«environ trois heures» suffisent pour déterminer la souche virale.

L’ensemble du processus, de l’isolement de l’ADN au séquençage, peut prendre jusqu’à un jour et demi et a permis à l’Islande d’identifier 463 variantes distinctes – que les scientifiques appellent des haplotypes.

Avant le séquençage, l’ADN de chaque échantillon est d’abord isolé, puis purifié à l’aide de billes magnétiques. Les échantillons sont ensuite transportés dans une salle massive et lumineuse remplie d’équipements, où un son assourdissant émane de petites machines ressemblant à des scanners. Les machines sont des séquenceurs de gènes qui cartographient le génome du nouveau coronavirus.

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Leader mondial

À l’intérieur de chaque machine se trouve une boîte noire appelée « Flow Cell », une lame de verre contenant les molécules d’ADN. Cette technologie a joué un rôle important en Islande depuis le début de la pandémie.

« Le séquençage des échantillons est essentiel pour nous aider à suivre l’état et l’évolution de l’épidémie », a déclaré le ministre de la Santé, Svandis Svavarsdottir. AFP.

Les autorités ont utilisé les informations de séquençage pour décider de mesures précises et ciblées pour freiner la propagation du virus, a-t-elle déclaré.

Bien que la variante sud-africaine n’ait pas été détectée en Islande, 41 personnes ont été identifiées comme porteuses de la variante britannique. Tous ont été arrêtés à la frontière – où des tests PCR sont effectués sur des voyageurs – empêchant efficacement la transmission de la variante sur l’île subarctique.

L’identification ADN a également permis d’établir un lien clair entre les visiteurs d’un pub du centre de Reykjavik et la majorité des infections dans une nouvelle vague à la mi-septembre – conduisant les autorités à fermer les bars et boîtes de nuit de la capitale.

Le séquençage a également identifié une souche distincte de deux touristes français qui ont été testés positifs à leur arrivée en Islande et qui ont été initialement accusés – à tort – d’être la cause de la poussée de septembre.

Tous les quelque 6000 cas de Covid-19 signalés en Islande ont été séquencés, ce qui en fait le leader mondial du séquençage de Covid.

Alors que plusieurs pays, tels que la Grande-Bretagne, le Danemark, l’Australie et la Nouvelle-Zélande, réalisent des niveaux élevés de séquençage, aucun d’entre eux ne se rapproche des niveaux de l’Islande, bien que les statistiques mondiales soient incomplètes.

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Un jeu d’enfant

Alors, pourquoi l’Islande est-elle si en avance sur le match?

La cartographie génique est la spécialité de deCODE.

Fondée en 1996, l’entreprise a réalisé la plus grande étude génétique jamais réalisée sur une population. Pour une étude de 2015 sur les facteurs de risque de cancer, il a séquencé l’ensemble du génome de 2500 Islandais et étudié le profil génétique d’un tiers de la population de 330000 habitants de l’époque.

Par rapport à cela, le séquençage des échantillons Covid-19 est un jeu d’enfant.

«Il est très facile de séquencer ce génome viral: il ne s’agit que de 30 000 nucléotides, ce n’est rien», ironise Kari Stefansson, le fondateur et directeur général de l’entreprise, âgé de 71 ans.

Par comparaison, le génome humain normalement analysé dans ses laboratoires est constitué de 3,4 milliards de paires de nucléotides, ou molécules organiques, ajoute-t-il.

Bien que le séquençage rigoureux de l’Islande ait été utile pour suivre la propagation du virus, il n’a pas encore abouti à des découvertes scientifiques majeures pour le deCODE.

«S’il existe des différences entre les virus avec les différentes mutations de modèle, elles ne sont pas très évidentes. Pas suffisamment évidentes pour que nous puissions les saisir», déclare Stefansson.

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